Die Regulation der Transkriptions-Initialisierung bei Eukaryoten ist am besten bei Genen untersucht, die von der RNA-Polymerase II übersetzt werden. Der Vorgang beginnt mit der Erkennung eines DNA-Abschnittes mit einer TATA-Sequenz durch einen generellen Initiationsfaktor TFII (A - J), wobei ein TATA-Box-Bindprotein (TBP) beteiligt ist. Der ternäre Komplex DNA/TBP/TFII bildet mit weiteren Faktoren und der Polymerase den Präinitiationskomplex (PIC).
TATA-Box-Bindeproteine konnten alleine oder an DNA gebunden oder als ternärer Komplex kristallisiert werden. Von solchen Kristallen wurde durch Röntgenbeugung die molekulare Struktur ermittelt.

Mensch	Hefe	TBP	Hefe	Arabidopsis
-	-	TFII	A   Hefe	B   Mensch
Adenovirus	synthetisch	DNA	Cyc1	Adenovirus
1tgh	1ytb	PDB-ID	1ytf	1vol

Am Beispiel des TBP aus Arabidopsis thaliana sollen die Eigenschaften des Komplexes erläutert werden. Zu den Details kommt man durch einen Mausklick hier in Jsmol. (Die alte Chime-Version - nur für Computer von 2000)